Nel 1963 il paleontologo Giovanni Mannino rinvenne tre ripari rupestri con incisioni risalenti al Paleolitico, oggi scomparsi a causa dell'espansione urbanistica di Villabate; le raffigurazioni, che comprendevano bovidi ed equidi, erano stilisticamente vicine a quelle dell'Addaura.[3]

	Il paese di Villabate fu fondato dall'abate Antonio Agnello, che vi si trasferì da Palermo insieme ai suoi dipendenti intorno agli inizi del XVII / XVIII secolo. 

	Successivamente il paese si ingrandì, e nel 1858 si rese autonomo da Palermo, diventando quindi Comune. Villabate era fino agli anni Sessanta un paese agricolo, ma con il boom edilizio ettari di agrumi, la ricchezza del paese, furono estirpati per lasciare posto alle abitazioni per i palermitani che fuggivano dal centro ancora non ricostruito dopo i bombardamenti della Seconda guerra mondiale. Nella storia recente, il Comune di Villabate è stato sciolto due volte dal governo per infiltrazioni mafiose (1999 e 2004).