Le origini di Scillato sono legate all'abbondanza d'acqua, che venne sfruttata per la realizzazione di numerosi mulini, intorno ai quali si andò sviluppando il centro abitato. Un mulino viene già citato in un documento del 1156 e il nome della località (Xillatum) compare in documenti della fine del XII secolo.

	Alcuni storici locali, tuttavia, hanno ipotizzato un'origine assai più antica, rifacendosi addirittura ad una colonia di greci ateniesi, giunti in Sicilia all'indomani della distruzione di Troia e insediatisi fra queste colline.

	Scillato, sempre borgo di campagna, non ha vissuto grandi esperienze nel corso della sua storia, passando dall'una all'altra signoria e seguendo le vicende della Sicilia.