L'origine del nome è legato alla tradizione religiosa. Tre fratelli, Alfio, Filadelfo e Cirino, furono, nel 253 d.C., deportati in Sicilia per essere qui martirizzati. Durante il loro viaggio verso Lentini, attraversando il luogo dove oggi sorge Sant'Alfio avvenne il cosiddetto "miracolo della trave": un improvviso vento si scatenò violento al loro passaggio, scagliando via la trave che portavano sulle spalle.

	Nel '600 Sant'Alfio rappresentò una delle sette "torri" della Contea di Mascali. Solo nel 1923 divenne comune autonomo, staccandosi da Giarre, di cui era stato frazione dal 1815. In questo frangente fu aiutato dalle vicine Milo e Fornazzo, che all'epoca erano a loro volta piccole frazioni del paese. Tuttavia anche queste ottennero la loro indipendenza da Sant'Alfio negli anni immediatamente successivi.